به گزارش "ورزش سه"، یکی از عجیب ترین و بحث برانگیزترین موارد آن، قضاوت های محسن قهرمانی در این رقابت حساس بوده است. قضاوت های این داور در دو دیدار بسیار جنجالی شد که اولین آن، در جریان نیمه نهایی جام حذفی، در سال 86 بود.
قرمز های پایتخت که آن روزها تحت هدایت مصطفی دنیزلی قرار داشتند و فوتبال تماشاگرپسندی به نمایش می گذاشتند، با یک گل از حریف خود پیش بودند. اما در دقیقه 86 این دیدار، قهرمانی روی یک صحنه مشکوک در محوطه جریمه پرسپولیس، در سوت خود دمید و یک پنالتی به نفع سپاهان اعلام کرد. پنالتی ای که اسباب شکست 4 بر 1 پرسپولیس و حذف این تیم از جام حذفی را فراهم کرد. پس از این دیدار مصطفی دنیزلی که در میان تماشاگران سرمربی محبوبی محسوب میشد، از سمت خود کناره گیری کرد و سرنوشت پرسپولیس در آن سال ها دستخوش تغییر شد. هواداران پرسپولیس تا مدت ها قهرمانی را بابت آن پنالتی نبخشیدند.
6 سال از این اتفاق گذشت و پرسپولیس و سپاهان بار دیگر با قضاوت محسن قهرمانی در برابر یکدیگر قرار گرفتند. در این دیدار علی دایی روی نیمکت تیم پرسپولیس و زلاتکو کرانچار هم در راس کادرفنی تیم سپاهان قرار داشت. در همان ابتدای بازی روی یک صحنه مشکوک که به اعتقاد کارشناسان داوری به هیچ وجه پنالتی نبوده و داور می بایست به سود پرسپولیس خطا می گرفت، محسن قهرمانی برای سپاهان پنالتی گرفت و میثم حسینی را نیز اخراج کرد تا شیرازه پرسپولیس از هم بپاشد. اینبار و پس از این تصمیم ، قهرمانی جنجال های وسیعی در فوتبال ایران پایه گذاری کرد. علی دایی در کنفرانس مطبوعاتی پایان دیدار، این داور را به "غش کردن" به سمت تیم حریف و هم چنین فساد مالی متهم کرد. پس از آن قهرمانی تا مدت ها تعلیق و سپس به مدت 8 ماه از حضور در عرصه داوری محروم شد و البته در کنار او افراد زیادی مانند علی مولایی؛ بدنساز پرسپولیس و دستیار علی دایی در ارتباط با همین پرونده از فوتبال محروم شدند. گفتنی است بسیاری از ابعاد این پرونده جنجالی و اتهامات وارد در آن مبهم و نامشخص باقی ماند. در رای کمیته انضباطی داور این دیدار از اتهامات وارده مبری و تنها به علت ارتباطات ناسالم خارج زمین فوتبال مجرم شناخته شد. در رای کمیته انضباطی آمده بود: با تحقیقات به عمل آمده، معلوم شد که هیچ گونه روابط ناسالم مالی بین تیم داوری و باشگاه سپاهان اصفهان وجود نداشته است و هرگونه اشتباه فنی داوری که در مسابقه مذکور از دید برخی کارشناسان مطرح شده، قابل طرح در کمیته انضباطی نیست.
محسن قهرمانی پس از پایان مدت محرومیتش به دنیای داوری بازگشت و سرانجام در دیدار بین تیم های استقلال و تراکتورسازی از دنیای داوری خداحافظی کرد.