مولر به علت حرفهایش پس از بازی با سن مارینو مورد انتقادات زیادی واقع شده است.
به گزارش کاپ، توماس مولر پس از پایان بازی با سن مارینو به انتقاد از بازی کردن با تیم‌های ضعیف تر پرداخته بود که با واکنش مسئولین سن مارینو مواجه شد. مولر درباره صحبت های خود گفت:
صحبت‌های من پس از پایان بازی به خاطر شرایط بد زمین و خطر مصدومیت بازیکنان بود که با شیطنت یک سری از خبرنگاران مواجه شد و همه را به اشتباه انداخت. دوست دارم در این‌جا بگویم که من نظرم را با احترام کامل گفتم.